Une équipe d’hydrologues de l’Institut de recherche pour le développement (IRD) étudie le fleuve depuis 2007. Son enquête, basée sur des témoignages de riverains et sur les données de la station hydrométrique localisée près de Bamako, a démontré que le lit de la rivière s’affaissait plusieurs centimètres par an. Le Joliba, nom mandingue du fleuve, est en effet utilisé comme une carrière de sable et de graviers. l’équipe de chercheurs a dénombré plus de 60 sites d’extraction le long de ses rives, sur 150 km en amont et en aval de la capitale malienne. En période de crue, les «pêcheurs de sable» procèdent artisanalement en plongeant en apnée à  trois mètres de fond pour ramasser le sable avec leur godet et en remplir leurs barques. En période d’étiage, o๠le niveau du fleuve est au plus bas, C’’est par camions entiers que se fait l’extraction. Au final, le prélèvement n’est pas marginal: «15 à  20 millions de m3 entre 2000 et 2006». Utilisé comme matériau de construction des habitations et des infrastructures de la ville de Bamako, les besoins sont énormes. La capitale, en pleine explosion, a vu sa taille décupler en 50 ans pour atteindre 1,8 millions d’habitants en 2009. s’ajoute à  cela l’implantation en 1982 du barrage de Sélingué sur le Sankarini (l’un des affluents du Niger) qui, situé en amont de la ville, limite l’apport en sédiments. Or un nouveau barrage sur la partie avale du fleuve (en Guinée) est prévu. Si le phénomène ne concerne pas la totalité des 4.200 km du lit du Niger, troisième plus long du continent africain après le Nil et le Congo, ses conséquences ne sont pas négligeables. A commencer par la pêche et l’écosystème, l’eau trouble perturbe «le peuplement des poissons». l’agriculture également, car l’abaissement du niveau du fleuve peut à  terme conduire à  une «moindre fréquence des débordements dans les plaines alluviales», indispensable à  la fertilité des terres.