La ville de Bamako, à l’image des grandes villes, est confrontée au problème de la gestion de ses eaux usées. Qu’elles soient d’origine domestique, industrielle ou même agricoles, les eaux usées, quand elles ne sont pas évacuées et/ou traitées, dégradent le cadre de vie et provoquent de nombreuses maladies, comme le paludisme et la diarrhée. Encore à ce jour, la grande majorité des eaux des ménages sont déversées dans la rue ou dans les caniveaux, destinés à l’écoulement des eaux de pluies. Quand aux déchets liquides industriels ou liés à l’activité artisanale (tannerie, teinture), ils se retrouvent eux aussi dans les caniveaux, d’où ils rejoignent les collecteurs puis le fleuve. Awa Diarra, teinturière à Banconi, explique que « nous déversons nos eaux dans les caniveaux, parce que les autorités n’ont pas montré un lieu de stockage ». En dehors de la seule station d’épuration située dans la zone industrielle de Sotuba, il n’existe en effet aucune structure de collecte ou de traitement de ces eaux souillés par les polluants persistants qui finissent par s’infiltrer dans le sol et rejoindre la nappe phréatique, quand ils ne vont pas directement sur les légumes arrosés avec les eaux des marigots et autres puits infectés. L’Agence nationale de gestion des stations d’épuration  du Mali (ANGESEM), mise en place en 2009, envisage « la construction des deux stations de traitements des boues de vidanges dans les communes de Mandé et de Mountougala  », explique Siriman Kanouté, chargé de communication. Le traitement des boues de vidange constitue en effet un grand défi : à ce jour, elles sont déversées dans les champs où elles sont sensées servir de fumier ou pire, directement dans le fleuve Niger. Le principe de « pollueur payeur », qui devrait permettre de générer des ressources, est quand à lui appliqué de façon encore trop marginale, ce qui fait que les structures en charge de ces questions n’ont guère les moyens de s’en occuper de manière efficace.